我从托管在服务器上的我的应用程序闪亮生成pdf报告时遇到问题。
该应用程序运行正常，但是当我按下按钮下载报告时，出现此错误：
pandoc version 1.12.3 or higher is required and was not found.
问题是，如果我键入$PATH，则会得到：
pandoc 1.12.3.3
Compiled with texmath 0.6.6, highlighting-kate 0.5.6.1.
Syntax highlighting is supported for the following languages:
actionscript, ada, apache, asn1, asp, awk, bash, bibtex, boo, c, changelog,
clojure, cmake, coffee, coldfusion, commonlisp, cpp, cs, css, curry, d,
diff, djangotemplate, doxygen, doxygenlua, dtd, eiffel, email, erlang,
fortran, fsharp, gnuassembler, go, haskell, haxe, html, ini, java, javadoc,
javascript, json, jsp, julia, latex, lex, literatecurry, literatehaskell,
lua, makefile, mandoc, markdown, matlab, maxima, metafont, mips, modelines,
modula2, modula3, monobasic, nasm, noweb, objectivec, objectivecpp, ocaml,
octave, pascal, perl, php, pike, postscript, prolog, python, r,
relaxngcompact, restructuredtext, rhtml, roff, ruby, rust, scala, scheme,
sci, sed, sgml, sql, sqlmysql, sqlpostgresql, tcl, texinfo, verilog, vhdl,
xml, xorg, xslt, xul, yacc, yaml
Default user data directory: /home/daniele/.pandoc
Copyright (C) 2006-2013 John MacFarlane
Web: http://johnmacfarlane.net/pandoc
This is free software; see the source for copying conditions. There is no
warranty, not even for merchantability or fitness for a particular purpose.
所以我想我有合适的版本。 还安装了TexLive，路径在$PATH中。
服务器
library(shiny)
library(drsmooth)
library(shinyBS)
library(knitr)
library(xtable)
library(rmarkdown)
shinyServer(function(input, output,session) {
output$downloadReport <- downloadHandler(
filename = function() {
paste('report', sep = '.','pdf')
},
content = function(file) {
src <- normalizePath('report.Rmd')
# temporarily switch to the temp dir, in case you do not have write
# permission to the current working directory
owd <- setwd(tempdir())
on.exit(setwd(owd))
file.copy(src, 'report.Rmd')
library(rmarkdown)
out <- render('report.Rmd')
file.rename(out, file)
})
output$tb <- renderUI({
p(h4("Report")),
"Dowload a the report of your analysis in a pdf format",
tags$br(),downloadButton('downloadReport',label="Download report"),
tags$em("This option will be available soon")
})
})
* report.Rmd *不包含任何类型的计算，仅是文本。pdf生成可以在我的本地版本（MacOS）上正常运行，但不能在服务器上运行。
预先谢谢您，如果需要，我在这里提供其他信息。
丹尼尔
猜你喜欢:
进入RStudio并找到RSTUDIO_PANDOC的系统环境变量
Sys.getenv("RSTUDIO_PANDOC")
然后在调用render命令之前将其放入R脚本中。
Sys.setenv(RSTUDIO_PANDOC="--- insert directory here ---")
在我努力寻找rmarkdown如何找到pandoc之后，这对我有用。 我不得不检查github以查看源代码。
使该变量适用于所有R脚本的另一种方法是全局定义此变量。
在Debian / Ubuntu上，将以下行添加到您的.bashrc文件中：
export RSTUDIO_PANDOC=/usr/lib/rstudio/bin/pandoc
在macOS上，将以下内容添加到您的.bash_profile文件中：
export RSTUDIO_PANDOC=/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/pandoc
在Windows上（使用Git Bash），将以下内容添加到您的.bashrc文件中：
export RSTUDIO_PANDOC="/c/Program Files/RStudio/bin/pandoc/"
解决此问题的最简单方法是在调用RMarkdown :: render之前在crontab命令中传递Sys.setenv（..）命令。 您需要用分号分隔两个命令：
R -e "Sys.setenv(RSTUDIO_PANDOC='/usr/lib/rstudio-server/bin/pandoc'); rmarkdown::render('File.Rmd', output_file='output.html')"
（请记住，rstudio-server路径与非服务器版本不同）
嘿，我刚刚打败了这个错误。 我通过从Shiny-server文件夹中删除2个pandoc文件“ pandoc”和“ pandoc-citeproc”解决了这一问题。 然后，我从rstudio-server文件夹为每个文件创建了一个链接。 它像魅力一样运作。 当我尝试在Linux机器上运行闪亮服务器时，将传单嵌入rmarkdown文档中时，这对我来说是个问题。 我发现奇怪的是，当我在同一台linux机器上的rstudio中运行它时，它可以正常工作，但是当我使用Shiny-server运行它时，它却不能正常运行。 因此，pandoc的闪亮服务器安装是旧的/过时的。干杯
如果尝试在Windows上从命令行运行脚本，则只需在PATH变量*中包含目录路径。 您还可以创建一个单独的名为RSTUDIO_PANDOC的用户变量，并将该变量指定为目录*。 然后关闭并重新打开所有终端以刷新系统路径。**
*如果有问题，请在结尾加上/进行实验。**我无法指向UNC路径。 //在路径的开头//加上了rmarkdown包pandoc函数。 如果使用的是UNC路径，则必须将其映射到驱动器并引用驱动器号。 有一些方法可以动态地做到这一点。 我使用通过Google找到的DOS /批处理脚本。
对于不使用RStudio的用户，您可能只需要在系统上安装pandoc。 对我来说
sudo pacman -S pandoc
并且有效（Arch Linux）。
如果有人遇到此问题并且也使用anaconda，则可能是他们遇到了我的问题。 rstudio shell启动时不会加载.bashrc文件，这意味着如果在anaconda中安装了您的pandoc版本，Rstudio将找不到该文件。 使用sudo pacman -S pandoc之类的命令单独安装pandoc对我来说很有效！
我正在使用Arch Linux和RStudio。唯一对我有用的是：
sudo pacman -S pandoc
:)
