MySQL复制线程长时间Opening tables

0、导读

在slave上，发现SQL thread长时间处于Opening tables状态

1、问题描述

朋友的数据库，做了主从replication复制。在slave实例上，SQL thread的长时间处于Opening tables状态，复制进程异常。

mysql> show processlist;

+—-+————-+———-+——+———+——-+—————————————-+——————+

| Id | User        | Host      | db   | Command | Time  | State                                  | Info             |

+—-+————-+———-+——+———+——-+—————————————-+——————+

|  1 | system user |           | NULL | Connect |   554 | Queueing master event to the relay log | NULL       |

|  2 | system user |           | NULL | Connect | 59212 | Opening tables | NULL             |

整个实例大概20个database，总共300G左右。

master是5.5版本，slave是5.6版本，master上执行xtrabackup全库备份后搭建的slave。

2、原因分析

我的第一反应是table cache是不是太小了，导致open table比较慢，所以才长时间处于这个状态。无论如何，先一层层排查吧。

先看下slave status（部分无用信息我隐掉了）：

mysql> show slave status\G

*************************** 1. row ***************************

Slave_IO_State: Queueing master event to the relay log

Master_Log_File: master-bin.000618

Read_Master_Log_Pos: 614915856

Relay_Log_File: replicate.000008

Relay_Log_Pos: 2384117

Relay_Master_Log_File: master-bin.000617

Slave_IO_Running: Yes

Slave_SQL_Running: Yes

Replicate_Do_DB:

Replicate_Ignore_DB:

Replicate_Do_Table:

Replicate_Ignore_Table:

Replicate_Wild_Do_Table:

Replicate_Wild_Ignore_Table:

Last_Errno: 0

Last_Error:

Skip_Counter: 0

Exec_Master_Log_Pos: 252048331

Relay_Log_Space: 1438994074

Until_Condition: None

Until_Log_File:

Until_Log_Pos: 0

Seconds_Behind_Master: 59240

Master_SSL_Verify_Server_Cert: No

Last_IO_Errno: 0

Last_IO_Error:

Last_SQL_Errno: 0

Last_SQL_Error:

Replicate_Ignore_Server_Ids:

Master_Server_Id: 1

Master_UUID:

Master_Info_File: /home/mysql/master.info

SQL_Delay: 0

SQL_Remaining_Delay: NULL

Slave_SQL_Running_State: Opening tables

               Master_Retry_Count: 86400
    Last_IO_Error_Timestamp:
    Last_SQL_Error_Timestamp:
    Master_SSL_Crlpath:
    Retrieved_Gtid_Set:
    Executed_Gtid_Set:
    Auto_Position: 0

看不出来有什么异常的。

再看下系统负载情况：

[root@localhost mysql]# vmstat -S m 1
procs ———-memory———- —swap- —-io—- -system- —-cpu—-
 r  b   swpd   free   buff  cache   si   so    bi    bo   in   cs us sy id wa st
 0  2      1  19591    458 230576    0    0    11    20    0    0  0  0 100  0  0
 1  1      1  19587    458 230579    0    0  2032  2528 1645  584  1  1 93  4  0
 1  1      1  19583    458 230582    0    0  1664  2712 1773  461  1  1 93  4  0
 0  2      1  19578    458 230585    0    0  2080  3376 1810  660  1  1 93  4  0
 2  0      1  19576    458 230587    0    0  2224  1804 1634  594  1  1 94  4  0
 3  1      1  19569    458 230590    0    0  1968  3488 1693  566  1  1 93  4  0
 1  1      1  19567    458 230593    0    0  2016  2632 1775  515  1  1 93  4  0
[root@localhost mysql]# sar -d 1
Linux 2.6.32-431.el6.x86_64 (localhost.localdomain)     03/21/2015      _x86_64_        (24 CPU)
03:21:57 PM       DEV       tps  rd_sec/s  wr_sec/s  avgrq-sz  avgqu-sz     await     svctm     %util
03:21:58 PM    dev8-0    185.86   5753.54     64.65     31.30      1.20      6.48      5.08     94.44
03:21:58 PM       DEV       tps  rd_sec/s  wr_sec/s  avgrq-sz  avgqu-sz     await     svctm     %util
03:21:59 PM    dev8-0    197.03   6114.85     95.05     31.52      1.16      5.88      4.48     88.32
03:21:59 PM       DEV       tps  rd_sec/s  wr_sec/s  avgrq-sz  avgqu-sz     await     svctm     %util
03:22:00 PM    dev8-0    188.89   5882.83     88.89     31.61      1.14      6.03      5.09     96.16
03:22:00 PM       DEV       tps  rd_sec/s  wr_sec/s  avgrq-sz  avgqu-sz     await     svctm     %util
03:22:01 PM    dev8-0    166.00   5152.00     80.00     31.52      1.42      8.56      5.58     92.70

也看不出来异常，继续看看 mysql 的日志吧：

    2015-04-21 14:51:04 18667 [ERROR] Native table ‘performance_schema’.’objects_summary_global_by_type’ has the wrong structure
    2015-04-21 14:51:04 18667 [ERROR] Incorrect definition of table performance_schema.rwlock_instances: expected column ‘WRITE_LOCKED_BY_THREAD_ID’ at position 2 to have type bigint(20), found type int(11).
    2015-04-21 14:51:04 18667 [ERROR] Native table ‘performance_schema’.’setup_actors’ has the wrong structure
    2015-04-21 14:51:04 18667 [ERROR] Native table ‘performance_schema’.’setup_objects’ has the wrong structure
    2015-04-21 14:51:04 18667 [ERROR] Native table ‘performance_schema’.’table_io_waits_summary_by_index_usage’ has the wrong structure
    2015-04-21 14:51:04 18667 [ERROR] Native table ‘performance_schema’.’table_io_waits_summary_by_table’ has the wrong structure
    2015-04-21 14:51:04 18667 [ERROR] Native table ‘performance_schema’.’table_lock_waits_summary_by_table’ has the wrong structure
    2015-04-21 14:51:04 18667 [ERROR] Column count of mysql.threads is wrong. Expected 14, found 3. Created with MySQL 50524, now running 50623. Please use mysql_upgrade to fix this error.
    2015-04-21 14:51:04 18667 [ERROR] Native table ‘performance_schema’.’events_stages_current’ has the wrong structure
    2015-04-21 14:51:04 18667 [ERROR] Native table ‘performance_schema’.’events_stages_history’ has the wrong structure
    2015-04-21 14:51:04 18667 [ERROR] Native table ‘performance_schema’.’events_stages_history_long’ has the wrong structure
    …
    …
    2015-04-21 15:05:17 7f5997fff700 InnoDB: Error: Table “mysql”.”innodb_table_stats” not found.
    2015-04-21 15:05:17 7f5997fff700 InnoDB: Error: Fetch of persistent statistics requested for table “db_anonymous_info_10”.”t_friend_info_3″ but the required system tables mysql.innodb_table_stats and mysql.innodb_index_stats are not present or have unexpected structure. Using transient stats instead.
    2015-04-21 15:05:17 7f7beb0cd700 InnoDB: Error: Table “mysql”.”innodb_table_stats” not found.
    2015-04-21 15:05:17 7f7beb0cd700 InnoDB: Error: Fetch of persistent statistics requested for table “db_user_trade_1”.”t_trade_15″ but the required system tables mysql.innodb_table_stats and mysql.innodb_index_stats are not present or have unexpected structure. Using transient stats instead.

可以看到，这个实例中，P_S（performanc_schema）库的几个表结构都异常了。另外，mysql.innodb_table_stats表也异常了，导致InnoDB表数据收集异常，然后SQL thread也跟着异常了。

3、问题解决建议

造成上面问题主要原因是，没有用正确的方式来部署slave实例。从master上用xtrabackup物理备份到slave，启动实例后，应该再执行 mysql_upgrade 升级相关表结构，确保P_S（performanc_schema）、I_S（information_schema）以及 mysql 等几个系统库表结构都升级到最新版本。