内容简介：进入根据介绍可选择文件类型为：CMAP，COORD (混合组装过程)，XMAP，SMAP (结构变异数据) 和下机数据BNX；
1. PacBio原始下机bam格式数据上传
自PacBio Sequel平台开始，PacBio原始下机数据均为bam格式，该如何上传NCBI呢？
NCBI的 SRA_metadata_acc.xlsx 文件提供PacBio格式为PacBio RS平台的HDF5格式，而第一个bam格式则认为是比对结果文件，需要在assembly列提供比对基因组信息；
这该如何是好？万能的NCBI工作人员给我们支招了:point_down:
For unaligned bam files please enter ‘unaligned’ in the ‘assembly’ column.
2. BioNano数据上传
进入 Supplementary Files ,选择BioNano原始Map数据或混合组装 (hybrid assembly) 过程数据上传；
根据介绍可选择文件类型为：CMAP，COORD (混合组装过程)，XMAP，SMAP (结构变异数据) 和下机数据BNX；
3. 基因组数据上传
Denovo组装基因组上传时通常需上传测序相关原始数据，首先参考 测序数据上传NCBI总结 提交专门上传基因组测序原始数据的BioProject和BioSample；
准备基因组 fa(未注释基因组)/sqn(已注释基因组)格式文件，进入
Genome
上传；
准备数据清单
- 基因组fa/sqn文件
- BioProject 号
- BioSample 号
- WGS 或 non-wgs genome
- AGP 文件，可通过 AGP validation on-line 进行文件格式确认或者 下载软件 在命令行确认 ( fatoagp 可根据fa文件生成AGP文件; fasta2apg.pl 根据fa文件生成AGP文件且输出分隔的contig.fa和scaffold.fa)
- 其他可选注释信息
以上就是本文的全部内容，希望本文的内容对大家的学习或者工作能带来一定的帮助，也希望大家多多支持 码农网
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Linux/UNIX系统编程手册
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