Galaxy生信分析平台-搭建(本地化)

栏目: 软件资讯 · 发布时间: 5年前

内容简介:生物信息分析平台可以有效的将非生信人员从生信软件中脱离,只专注于数据的输入与输出,不关注数据的具体分析过程最近看到一篇Galaxy提供了一个执行交互式分析的分析环境,同时确保结果分析具有透明和可重复性。Galaxy框架在其后台封装了很多高端的计算工具,并且在网页的前端给这些工具以直观的使用界面而把计算和存储管理的细节隐藏起来。因此,它消除了在执行许多常见类型的大规模分析过程中对专门的信息学专业知识的需求。正因为如此,使得Galaxy生物信息分析平台成为了目前生物医学研究领域最受欢迎的在线生物信息分析工具。

生物信息分析平台可以有效的将非生信人员从生信软件中脱离,只专注于数据的输入与输出,不关注数据的具体分析过程

最近看到一篇 可视化生信分析利器 Galaxy:本地部署 文章,我也比较喜欢shiny这种工具(可以通过网站进行数据分析以及可视化),这点与Galaxy比较类似,但从平台角度来说,后者更加专业一点

Galaxy提供了一个执行交互式分析的分析环境,同时确保结果分析具有透明和可重复性。Galaxy框架在其后台封装了很多高端的计算工具,并且在网页的前端给这些 工具 以直观的使用界面而把计算和存储管理的细节隐藏起来。因此,它消除了在执行许多常见类型的大规模分析过程中对专门的信息学专业知识的需求。正因为如此,使得Galaxy生物信息分析平台成为了目前生物医学研究领域最受欢迎的在线生物信息分析工具。

从上述可看出Galaxy是一个开源平台,然后通过生信分析人员不断以其为基础拓展分析流程,实现多种生信分析工具的融合

Galaxy已整合了多个分析流程的开源工具,通过其网站即可访问使用,进入 https://galaxyproject.org/use/ ,在UseGalxy页面下是官方服务器,点击The Galaxy Project free public server; biomedical research的Server,即可进入免费公共的Galaxy分析平台,我选择NGS:RNA Analysis进入HISAT2分析界面,如下所示:

Galaxy生信分析平台-搭建(本地化)

除了流行的分析软件,还有一些文本处理工具(勉强适合一些常规需要,毕竟大家的需求都是多样化的。。。)

除了官方的Galaxy Server外,还有一些团队/个人基于Galaxy开发的公开分析平台,可以在上述网站的Public Servers界面下找到,可以通过一些关键词找到你所需要的分析流程,如搜索proteomics,如下所示:

Galaxy生信分析平台-搭建(本地化)

从中可看出Galaxy可以用于搭建定制化的生信分析平台,这点就很有意思了,其主要是提供一个平台框架,而管理员则是需要在这个平台上添加分析工具即可供他人使用,主要还是开源的。。。

参考官方文档 Get Galaxy ,结合开头那篇博文,可以在 linux 系统上搭建一个属于自己的生信分析平台了

安装前先检查下是否有 Python 2.7,一般ubuntu系统都是默认自带的

先从Git上将最新版Galaxy克隆到本地(现在最新是18.09)

git clone -b release_18.09 https://github.com/galaxyproject/galaxy.git

然后运行,该命令第一次运行会安装一些配套文件以及一些Python模块,如果有报错,一般就是缺少一些系统文件,缺啥补啥即可

sh run.sh

如果没有报错运行完后,说明Galaxy server已经正常在服务器上运行了,如果想退出的话 Ctrl+C 即可(如果是将Galaxy提交后台运行,则可以通过kill PID来关闭程序);但是我们不只是希望能在本机登录Galaxy平台(前提你本机上有浏览器),而是想在外部远程登录或者内网下其他电脑登录这个IP,这是需要对Galaxy的配置文件做点修改

首先将初始的配置文件 config/galaxy.yml.sample 创建出一个新的可使用配置文件 config/galaxy.yml (之后Galaxy就识别这个文件中的配置了)

cp config/galaxy.yml.sample config/galaxy.yml

然后将默认的本地IP http: 127.0.0.1:8080 修改为 http: 0.0.0.0:8080 ,8080即端口,这样就允许外部用户访问本机的Galaxy server了(这个跟shiny有点类似),在远程电脑浏览器中输入网址:http://IP:8080/

界面如下所示:

Galaxy生信分析平台-搭建(本地化)

如需安装一些除了自带的一个工具外,可以参考 Installing Tools into Galaxy

其实我更好奇如何将自己写的脚本/工具在Galaxy中配置上去,在后续尝试后再整理下

本文出自于 http://www.bioinfo-scrounger.com 转载请注明出处


以上所述就是小编给大家介绍的《Galaxy生信分析平台-搭建(本地化)》,希望对大家有所帮助,如果大家有任何疑问请给我留言,小编会及时回复大家的。在此也非常感谢大家对 码农网 的支持!

查看所有标签

猜你喜欢:

本站部分资源来源于网络,本站转载出于传递更多信息之目的,版权归原作者或者来源机构所有,如转载稿涉及版权问题,请联系我们

机器与人:埃森哲论新人工智能

机器与人:埃森哲论新人工智能

【美】保罗•多尔蒂 詹姆斯•威尔逊 / 赵亚男 / 中信出版社 / 2018-10-1 / 49.00元

自人工智能问世以来,人们普遍持有人机对立的观点,且无时无刻不在害怕自己的工作会被人工智能取代。作者认为,是时候抛开这些无谓的担忧了,因为人类社会正走向一个与机器共融共生的时代。 未来的新型工作模式是什么?未来有哪些工作不会被人工智能取代?人工智能时代重要的生存技能是什么?本书围绕这三大核心问题做了透彻的分析。作者带我们见识了置于业务流程背景之下的人工智能,阐述了其在不同职能部门中起到的推动作......一起来看看 《机器与人:埃森哲论新人工智能》 这本书的介绍吧!

JS 压缩/解压工具
JS 压缩/解压工具

在线压缩/解压 JS 代码

XML、JSON 在线转换
XML、JSON 在线转换

在线XML、JSON转换工具

html转js在线工具
html转js在线工具

html转js在线工具